1.1、计算个税的方式不同。
单独计算的情况下，年终奖需要单独计税；而在合并计算的情况下，年终奖需要并入综合所得，和综合所得一起计算个税。
2、计算个税的税率不同
年终奖单独计算时，适用月度税率表计算个税；而合并计算时，需要根据综合所得税率表计算个税。
由于使用的税率不同，单独计算和合并计算实际得出的结果也会差距很大。在这样情况下，自然人就可以选择对自己最有利的方式，计算个税。这也是年终奖可以进行税务筹划的根本原因。
2.区别如下：
全年一次性奖金单独核算指的是：以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照按月换算后的综合所得税率表，确定适用税率和速算扣除数，单独计算纳税。
全年一次性奖金并入综合所得指的是：将全年一次性奖金并入工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得按照年度综合所得税率表对应的税率计算纳税。
以上方法，纳税人可以自由选择单独计算或是并入综合所得计算方法。
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