r软件安装教程(r程序包的安装流程)

1. 学习资源

通读一本书:R语言实战[1],R数据科学等等;

初学者之友

R语言初学者必备-cheatsheet大全:https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
r软件安装教程(r程序包的安装流程)

R语言菜鸟教程:https://www.runoob.com/r/r-tutorial.html

简书、知乎等各大平台都会提供很多生信分析常见的教程,一定要利用好这些资源;

报错怎么办:度娘来帮忙;一定要学会百度!一定要学会百度!一定要学会百度!

2. 了解并安装R, Rstudio 及R包

下载R语言的软件: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/

安装一些必要的包:

什么是R包:包是 R 函数、实例数据、预编译代码的集合,包括 R 程序,注释文档、实例、测试数据等

安装包 install.packages(” xxxxxx “)

对于生物信息学常用的包,可以使用:BiocManager::install(“xxxx”)函数进行安装

加载包 library( xxxxx )

查看包的帮助文档help(“xxxxx”) 或?xxxxx

#生物信息学分析必备的一些R包,复制以下代码,直接运行即可;rm(list=ls())#设置镜像:options()$reposoptions()$BioC_mirror#options(BioC_mirror=”https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)options(BioC_mirror=”http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/”)options(“repos”=c(CRAN=”https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”))options()$reposoptions()$BioC_mirror#方法一:options()$reposinstall.packages(‘WGCNA’)install.packages(c(“FactoMineR”,”factoextra”))install.packages(c(“ggplot2″,”pheatmap”,”ggpubr”))library(“FactoMineR”)library(“factoextra”)#方法二:if(!requireNamespace(“BiocManager”,quietly=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“KEGG.db”,ask=F,update=F)BiocManager::install(c(“GSEABase”,”GSVA”,”clusterProfiler”),ask=F,update=F)BiocManager::install(c(“GEOquery”,”limma”,”impute”),ask=F,update=F)BiocManager::install(c(“org.Hs.eg.db”,”hgu133plus2.db”),ask=F,update=F)#方法三:从github中安装#所有的R包都提交上传到CRAN,如Github,需要通过一定的渠道进行安装#R安装devtools包install.packages(“devtools”)library(devtools)#安装github上的R包(需翻墙或改hosts)devtools::install_github(‘lchiffon/REmap’)#前为github的用户名,后为包名#测试–加载R包;library(REmap)library(GSEABase)library(GSVA)library(clusterProfiler)library(ggplot2)library(ggpubr)library(hgu133plus2.db)library(limma)library(org.Hs.eg.db)library(pheatmap)

获取当前工作区间getwd()

更改工作区间setwd( “xxxxxx”)

清除当前对象rm(xx)

往期文章Adobe Illustrator从入门到精通教学全集;免费电子书籍分享;科研绘图、数据分析代做参考资料[1]

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